Bernd Päffgen studierte an der Universität zu Köln und an der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Ur- und Frühgeschichte, Geschichte und Kunstgeschichte sowie Provinzialrömische und Christliche Archäologie, Byzantinistik und Wirtschafts- und Sozialgeschichte. Seit 2005 lehrt er als Professor für Vor- und Frühgeschichte an der Ludwig-Maximilians-Universität München. Außerdem ist er 1. Vorsitzender der Gesellschaft für Archäologie in Bayern e.V.