Stephan Reimers promovierte nach dem Theologiestudium mit einer Arbeit zum Alten Testament. Er war Hochschulassistent und in dieser Zeit auch politisch aktiv als Mitglied der Hamburger Bürgerschaft (1970–78) und des Deutschen Bundestags (1976–80). 1982 wurde er Leiter der Tagungsstätte der Evangelischen Akademie in Hamburg, später Direktor der Evangelischen Akademie Nordelbien. 1992 wechselte er in das Amt des Leiters des Diakonischen Werks in Hamburg. Von 1999 bis 2009 war er Bevollmächtigter des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland bei der Bundesrepublik und der Europäischen Union. Seit seiner Verabschiedung ist er ehrenamtlich bei den „Hoffnungsorten Hamburg – Stadtmission“ tätig. Im Jahr 2015 wurde Stephan Reimers zum Bundesvorsitzenden der Aktion Sühnezeichen Friedensdienste gewählt.